Tuanku Mizan telah dilantik secara rasminya sebagai Timbalan Yang di-Pertuan Agong pada 26 April 1999 selepas Sultan Salahuddin Abdul Aziz Shah, Sultan Selangor dilantik sebagai Yang di-Pertuan Agong yang ke-11 oleh Majlis Raja-Raja. Namun, selepas kemangkatan Sultan Salahuddin, Tuanku Mizan telah dilantik menjadi YDPA pada 21 November 2001.

Namun atas dasar kerjasama dan permuafakatan Majlis Raja-Raja Melayu, Tuanku Mizan bersetuju untuk kembali menduduki kerusi Timbalan Yang di-Pertuan Agong pada 13 Disember 2001 selepas Persidangan Majlis Raja-Raja sebulat suara melantik Tuanku Syed Sirajuddin Ibni Al-Marhum Tuanku Syed Putra Jamalullail, Raja Perlis sebagai YDPA yang ke-12.

Tuanku Mizan pertama kali dilantik sebagai Canselor Universiti Malaysia Terengganu (UMT) dari tahun (2001–2006).